فيقول السيِّد محمَّد رضا الكلبايكاني إنَّه: " كان مناراً للعلم والتقى، وسلطان الفقاهة والإفتاء، زعيم الحوزات العلمية".
قال الشيخ علي الهمداني : ( لم أرَ بعد وفاة الشيخ النائيني أحداً مثل السيّد الخوئي متمكِّناً من المادّة الدراسية ، بحيث أنّه كان يلقي الدرس بأكمله باللغة العربية الفصيحة ) .
ـ قال السيّد محمّد رضا الكلبايكاني : ( كان السيّد الخوئي شمساً مضيئة على العالم الإسلامي في الفقاهة ، على مَدَى خمسين عامّاً ) .
قال السيّد علي الخامنئي : ( كان عالماً فقيهاً ، عظيم الشأن ، ومرجعاً كبيراً من مراجع هذا العصر ) .
وقال الشيخ محمد اسحاق الفياض
ومن أبرز العلماء والمجتهدين العظام في القرن الأخير وأشهرهم وأعلمهم هو سيد الطائفة سيدنا وأستاذنا الأعظم آية الله العظمى السيد أبو القاسم الخوئي ( قده ) الذي واكب مسيرة العلم وحركة التطور والنمو الفكري في هذه المدرسة الكبرى وكان ( قده ) قد رفع رايتها خفاقة عالية ورصدها بتاليفاته القيمة وتحقيقاته وتدريسه في حقول المعرفة كالأصول والفقه والتفسير والرجال حيث أنه تعمق فيها دقة وسعة ولا سيما في علمي الأصول والفقه وأحكم قواعدهما النظرية والتطبيقية وبناهما على أسس متينة ومجددة ومبان رصينة واكتشف أفاقا جديدة في هذين العلمين الشريفين فأبدع في ذلك ، فأحرز مقام القيادة الكبرى ونال شرف أستاذ العلماء والمجتهدين في الحوزات العلمية والمعاهد الدينية الكبرى ، وقد قام الإمام الخوئي ( قده ) بإلقاء الدروس العليا ( الخارج ) في الفقه والأصول على جمع غفير من الفضلاء ذوي الكفاءة واللياقة لا يقل عددهم عن أربعمائة أو خمسمائة نفر وقد تميزت دروسه في الحوزة العلمية بالابتكار والتحقيق والتدقيق سعة وعمقا واتسمت أبحاثه بالقوة في الاستدلال والاحاطة العلمية بأفكار العلماء وتحليلها ونقدها بأسلوب بليغ رائع وبيان ساحر وفصيح ولذلك قد فاق أقرانه ومعاصريه من كبار الأساتذة والعلماء في الحوزة العلمية الكبرى وتفوق عليهم في استقطاب أكبر عدد من الطلبة والفضلاء ذوي اللياقة والكفاءة وكان مجلس درسه ( قده ) من أوسع الدروس إقبالا وحضوراً وأكثرها انتشارا وكان بحق القطب الذي تدور حوله الحركة العلمية كان كالشمس ترسل أشعتها على الدوام أكثر من نصف قرن وقد أستحق بذلك عن استحقاق لقب زعيم الحوزة العلمية الكبرى في النجف الأشرف .
وقال السيد محمد باقر الصدر
إن علاقتي هي من أشرف وأطهر وأقدس العلاقات في حياتي وهي علاقتي بسيدنا وأستاذنا وسندنا وسنادنا آية الله العظمى الإمام الخوئي ( دام ظله الوارف ) هذا الأستاذ الذي أبصرت نور العلم في حوزته وذقت طعم المعرفة على يده وإن من أعظم ما ينعم الله به على الإنسان بعد الإيمان العلم ولأن كنت قد حصلت على شيء من هذه النعمة فإن فضل ذلك يعود إليه فلست إلا ثمرة من ثمرات وجوده وفيضه الشريف وولد من أولاده الروحيين
ويقول الشيخ محمد جواد مغنية
انه كالشمس ترسل اشعتها في كل مكان وزمان . انه أ ستاذي واستاذ العلماء في النجف الاشرف والقطب الذي تدور حوله الحركه العلميه وتدين له الحوزة بالشكر والولاء وعرفات الجميل جزاء الصفرى أياديه ولولا وجوده وجود القله من اهل التحقيق والتدقيق لاخذ العهد الذهبي للنجف - بالافول - لا سمح الله وكانت الجامعة النجفية كغرها لا تعرف سوى الظواهر والقشور واعني بالعهد الذهبي العهد الذي عرف الشيخ الانصاري والشيخ الخرساني
وقال عنه السيد السيستاني
لقد قضى قدس سره الشريف عمرآ حافلآ بالمآثر وجلائل الاعمال التي كلفت تسجيل أسمه في سفر الخالدين وجعلته في عدد نخةبارزة من علمائنا الاعلام ممن لا تزال تتردد أسمائهم الشريفة على الالسن جيل ان الحوزلت العلمية ولا سيما الحوزة العلمية في النجف يبقي تتذكر بفخر واعتزاز بالغين خدماته الجليلة وجهود ه العظيمة متمثلة في جانب منها في تراثه العلمي القيم والسنوات الطوال التي قضاها في تربيتة أجيال من العلماء والفضلاْْء الذين نهلوا من علمه الجم وتربوا في محضره الشريف .
ويقول السيِّد علي السيستاني: "كان ـ أعلى اللّه مقامه ـ نموذج السلف الصالح، بعبقريته الفذّة، ومواهبه الكثيرة، وملكاته الشريفة، التي أهّلته لأن يعدّ في الطليعة من علماء الإمامية، الذين كرّسوا حياتهم لنصرة الدين والمذهب".
وقال عنه الشيخ محمد علي التوحيدي (قدس سره الشريف )
سيدنا وأستاذنا علم الاعلام آية الله العلام فقيه العصر وفريد الدهر والبحر اللجي واسطة قلادة الفضل والتحقيق محور دائرة الفهم والتدقيق امام أئمة الاصول وكزعيم أساتذة المعقول والمنقول المبين لاحكام الدين والمناضل عن الشريعة جده سيد المرسلين قدوة العلماء الراسخين أسؤة الفقهاء العاملين المولى الاعظم والحبر المعظم مولانا وملا ذنا الحاج السيد ابو القاسم الموسوي الخوئي .
وقال عنه الشيخ فخر الدين الزنجاني ( قدس سره الشريف )
سيدنا ومولانا وملاذنا الاستاذ الاوحد العلمي الفقه والاصول وكاشف القناع عن معضلاتها وحلال مشكلاتها ببيانه الرشيق الذي بمثله تستمال القلوب النافرة وتستصرف الابصار الطامعه وترد الاهواء الشاردة ويتيسرالنجح ويسهل العسير ويقرب البعيد ويدرك المنيع ويصاب الممتنع البالغ من العلم والعمل والفضل والفضيلة غاية ليس ورائها مطلع لناظر ولا زيادة لمستزيد ولا فوفقها مرتقى لهمة ولا منزع لامنية ولا متجاوز لامل صاحب المراتب السنية والدلرجات الرفيعة والاقدار الشريفة والرتب الجليلة والمحال النفيسة حضرة الحاج السيد أبو القاسم الموسوي الخوئي