بعد قدوم الشيخ الطوسي ( قدس سره ) إلى مدينة النجف الأشرف ، في القرن الخامس الهجري ، أصبحت النجف محطّ الأنظار من سائر الأقطار الشيعية ، وصارت على مرّ الزمن مركزاً علمياً مهمّاً ، واُنشئت فيها المدارس الدينية الكثيرة .
وقد أشار الرحالة ابن بطّوطة إلى مدارسها هذه ، كما أشار إجمالاً أو تفصيلاً غيره من المؤرخين .
ونذكر من هذه المدارس :
1ـ مدرسة المقداد السُيوري : نسبة إلى الفاضل المقداد السيوري ، المتوفى سنة 826 هـ .
2ـ مدرسة الصدر : وهي أقدم المدارس الحاضرة ، وأوسعها ، وفيها ما يزيد على ثلاثين غرفة في طابق واحد .
3ـ مدرسة المعتمد : اُسست سنة 1262 هـ ، وجُدّد بناؤها بعد ذلك ، وهي تحتوي على 20 غرفة .
4ـ مدرسة الشيخ مهدي : كان أول بدء تأسيسها في سنة 1284 هـ ، وتحتوي على 22 غرفة .
5ـ مدرسة القَوام : تمّ بناؤها سنة 1300هـ ، وفيها 26 غرفة .
6ـ المدرسة السليمية : اُسست سنة 1250 هـ ، وتحتوي على 12 غرفة .
7ـ مدرسة الإيرواني : تأسست سنة 1305 هـ ، وفيها 19 غرفة .
8ـ مدرسة القَزويني : تأسست سنة 1324 هـ ، وفيها 33 غرفة في طابقين .
9ـ مدرسة البادْكُوبئي : تأسست سنة 1325 هـ .
10ـ مدرسة الشربياني : تأسست في حدود 1320 هـ ، وفيها 12 غرفة .
11ـ مدارس الخليلي :
أ ـ الصغرى ، مؤلفة من طابقين ، وفيها 18 غرفة ، تأسست سنة 1322 هـ .
ب ـ الكبرى ، مؤلفة من طابقين ، وفيها 46 غرفة ، تأسست سنة 1330 هـ .
12ـ مدارس الآخند :
أ ـ الكبرى ، وفيها 40 غرفة ، وهي في طابقين ، جدرانها مكسوّة بالقاشاني ، تمّ بناؤها في سنة 1321 هـ ، وجدّد بناؤها عام 1385 هـ .
وزيدت حُجرها إلى 80 حجرة .
ب ـ الوسطى ، وفيها 33 غرفة ، وجدرانها مكسوة بالقاشاني ، تم بناؤها في سنة 1326 هـ .
ج ـ الصغرى ، وفيها 12 غرفة ، تم بناؤها في سنة 1328 هـ .
13ـ مدرسة الهندي : وفيها 20 غرفة .
14ـ مدرسة البخاري : تم بناؤها في سنة 1329 هـ ، وجدّدت في سنة 1380هـ .
15ـ مدرستا السيد محمّد كاظم اليزدي : الأولى والثانية وتشتمل على ثمانين غرفة ، مؤلفة من طابقين ، وجدرانها مكسوة بالقاشاني ، تأسست سنة 1325 هـ ، والثانية عام 1380هـ ، بأمر من الإمام الحكيم ( قده ) .
16ـ مدرسة المجدّد الشيرازي : في طابقين ، وبها قبر مؤسسها ( قدس سره ) .
17ـ مدرسة البُروجردي : تحتوي على 64 غرفة ، في ثلاثة طوابق ، وفيها مكتبة حافلة بالكتب العلمية والفقهية وبعض المخطوطات ، وكان تأسيسها عام 1373 هـ .
18ـ مدرسة دار الحكمة : وقد أسسها الإمام الحكيم ( قدس سره ) .
19ـ جامعة النجف الدينية : وهي أضخم مدرسة في النجف على الإطلاق ، إذ أنها تضمّ أكثر من مئتَي غرفة في ثلاثة طوابق ، وفيها مكتبة جامعة لنفائس الكتب ، وطائفة من المخطوطات الثمينة ، وفيها مسجد .
وهي من أحسن المدارس بناءً وتصميماً ، وقد بوشر ببنائها في سنة 1376 هـ ، على قطعة أرض في حي السعد ، تبلغ (5000) متر مربع .
20ـ المدرسة اللبنانية : وموقعها في الجُدَيدة .
21ـ المدرسة الأُزرية : وهي في الجديدة أيضاً .
22ـ مدرسة البغدادي : في حي السعد ، وهي مدرسة جيدة وحديثة البنيان ، فيها غرف كثيرة .